Avec le manque de prêtres, on en était venu à confier de plus en plus de paroisses aux prêtres et vicaires en paroisses. On a ensuite commencé dans la plupart des diocèses de France, à regrouper les anciennes paroisses.

Suite à l'opération "Paroisses 2000", le diocèse de Saint-Claude est passé de 392 à 67 paroisses nouvelles Ces paroisses sont regroupées en 17 secteurs.
Dans chaque paroisse, une Equipe d'Animation Paroissiale (E.A.P.) apporte son aide aux prêtres et diacres chargés des communautés chrétiennes. L'E.A.P. est placée sous l'autorité du curé. La charge pastorale est divisée en 5 pôles :
Solidarité
Annonce de la foi
Liturgie
Questions matérielles
Coordination de l'ensemble